Фамилия Канафеева — женская форма мужской фамилии Канафеев, и её происхождение стоит искать в тюркских языках. Основа фамилии — личное имя Канафей, которое представляет собой диалектный или фонетический вариант арабского имени Канафий (или Ганафий). В основе этого имени лежит арабское «ханафи» — последователь одного из четырёх канонических мазхабов в исламе, ханафитского толка. Имя было распространено среди татар, башкир и других тюркоязычных народов, исповедующих ислам.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русского освоения тюркских имён: к основе Канафей добавляется русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Так из личного имени образовали отчество, которое затем закрепилось как фамилия. Окончание -а в женской форме — стандартный способ указать на принадлежность к роду.

С географической точки зрения фамилия Канафеев (и Канафеева) встречается преимущественно в регионах с компактным проживанием татар и башкир: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Иногда её фиксируют и у русских, но в таких случаях она, скорее всего, указывает на тюркские корни предков, принявших православие, или на смешанные браки.

В отличие от более частых фамилий на -ов/-ев, образованных от бытовых прозвищ или названий профессий, Канафеева отсылает к религиозной идентичности. Носитель имени Канафей в прошлом, вероятно, был человеком, известным своей приверженностью ханафитскому мазхабу, либо получил имя в честь уважаемого богослова. Фамилия не имеет отношения к каким-либо ремёслам или географическим объектам — её корень чисто антропонимический.