Фамилия Канафина происходит от мужского личного имени Канафи. В основе лежит арабское слово «ханафи» — так называют последователя ханафитского мазхаба, одной из четырёх правовых школ суннитского ислама. Основателем этой школы считается Абу Ханифа (около 699–767 годов). Имя Канафи, таким образом, прямо указывало на вероисповедание или религиозную принадлежность предка.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который в данном случае присоединился к основе, оканчивающейся на гласный. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде татар, башкир и других тюркских народов, где личные имена арабского происхождения адаптировались к русской грамматике. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Канафин, то есть сын или потомок Канафи.

У фамилии женская форма Канафина, мужская — Канафин. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Канафина, что связано с особенностями передачи арабских имён на письме. Точное место и время возникновения рода определяются только в ходе генеалогического исследования, но географически фамилия распространена в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — в регионах традиционного проживания татар и башкир.