Фамилия Канафин — один из тех родовых имен, которые прямо указывают на религиозно-культурную традицию предков. В её основе лежит восточное мужское имя Канафи, а оно, в свою очередь, восходит к арабскому «ханафи» — последователю ханафитского мазхаба. Ханафитская школа — одна из четырех признанных правовых систем в суннитском исламе, её основал имам Абу Ханифа (699–767 годы). Имя Канафи могли дать человеку, который строго следовал этому толку, или же в честь самого Абу Ханифы.

Словообразовательная модель проста: к основе Канафи добавили русский патронимический суффикс -ин. В славянской традиции этот суффикс означал «принадлежащий, сын такого-то», поэтому фамилия Канафин буквально читается как «сын Канафи» или «потомок Канафи». Такая модель типична для фамилий, которые возникали у крещёных татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, принимавших православие, но сохранявших память о мусульманских именах предков.

Искать корни Канафиных стоит прежде всего в среде татарских и башкирских родов. Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где веками жили тюркоязычные народы, исповедовавшие ислам ханафитского толка. В XIX веке, при массовой христианизации, многие носители таких имён получали фамилии по имени отца без изменений — так имя Канафи превратилось в фамилию Канафин.

В русских письменных источниках фамилия фиксируется с XVIII–XIX веков. Есть и редкий вариант написания с двумя «н» — Канаффин, но он встречается значительно реже и мог возникнуть под влиянием местных говоров или ошибок писарей. Точное время и место возникновения конкретной ветви Канафиных можно установить только через глубокие генеалогические изыскания — работа с ревизскими сказками и метрическими книгами.