Фамилия Канабеев — редкий случай в русском ономастиконе, где ясно читается тюркская основа, но неочевидна модель её встраивания в русскую фамильную систему. Разберёмся по порядку.

В основе, скорее всего, лежит тюркское имя Канабий (варианты — Канабай, Канабек), которое состоит из двух корней: «кан» (кровь, род, а в переносном смысле — «истинный», «чистокровный») и «бий» (князь, господин, правитель). Таким образом, имя Канабий могло означать «истинный господин» или «князь крови». Встречается оно у казанских татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на -й. Менее вероятен, но возможен вариант с суффиксом -ев от прозвища Канабей (например, от диалектного слова, обозначающего коноплю — «канопля», «канаб»). Однако для фамилии Канабеев тюркское имя-основа — самая прямая и логичная версия, подтверждаемая географией: фамилия встречается прежде всего в Татарстане, Башкортостане и соседних областях.

Модель образования типична для русских фамилий, возникших у крещёных татар и других народов, принявших православие. В XVI–XVII веках многие служилые татары получали фамилии по имени отца, русифицируя их. Канабеевы могли быть выходцами из мелких татарских князей или мурз, перешедших на русскую службу.

Стоит заметить, что фамилия не имеет отношения к широко известному роду Канабеевых из дворянского гербовника — это другая ветвь, с иной этимологией. Канабеевы — фамилия народная, без сословных привилегий, но с ясным следом в истории межэтнических контактов на востоке России.