Фамилия Канабекова — редкая, и её разбор сразу упирается в два вопроса: откуда основа и почему окончание необычное. Основа «Канабек» почти наверняка восходит к тюркскому составному имени. Первая часть, «Кана», может быть вариантом имени «Кан» («хан», правитель) или «Кана» (в некоторых тюркских языках — «родственник», «единомышленник»). Вторая часть — «бек» (князь, господин). В сумме получается имя вроде «князь-правитель» или «родственный бек». Такие имена (Канбек, Канайбек, Канабек) встречаются у народов Северного Кавказа, особенно у балкарцев, карачаевцев, а также у кумыков.

Ключевая особенность — суффикс «-ова». В русском языке фамилии на «-ов» образуются от мужских имён или прозвищ, заканчивающихся на твёрдый согласный. Но здесь мы видим «Канабеков-а». Это женская форма фамилии. Мужская — Канабеков. Однако в тюркских языках, где фамилии часто русифицировали, суффикс мог присоединяться прямо к полному имени, минуя патронимическую модель. То есть предка могли звать Канабек, и его потомки стали Канабековыми, а не, скажем, Канабековичами.

Географически фамилия привязана к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Там она встречается в аулах и городах. Встречается и у казахов, но реже, и обычно в форме Канабек (без суффикса). Русское окончание «-ова» — результат административного учёта в XIX–XX веках, когда нерусским народам «навешивали» стандартные русские фамильные суффиксы для единообразия документов.

Сословно предки Канабековых, скорее всего, не принадлежали к высшей аристократии (хотя имя «бек» могло указывать на княжеский род у балкарцев или карачаевцев). Чаще это были свободные общинники, уздени, или же потомки людей, получивших имя-титул за заслуги. Точнее сказать трудно — фамилия не попала в массовые родословные книги Российской империи, а значит, её носители жили в горных обществах, где письменная фиксация была слабой.

Единственное, что можно добавить: ударение в фамилии почти всегда падает на третий слог — Канабе́кова. Путаница с ударением на первый слог (Ка́набекова) встречается, но это местный диалектный вариант.