Фамилия Карабекова образована от восточного мужского имени Карабек. Это составное имя, которое восходит к двум тюркским словам: «кара» и «бек». Первое из них в данном контексте означает не просто «чёрный», а «большой, сильный», второе — «господин, предводитель». Таким образом, имя Карабек можно перевести как «великий господин» или «могучий предводитель». Подобные составные имена были распространены у многих тюркских народов, где часть «бек» указывала на знатное происхождение или высокий статус носителя.

Модель образования фамилии — патронимическая (по отцу). Суффикс -ов в основе Карабеков- указывает на принадлежность: в буквальном смысле фамилия Карабекова означает «дочь (или жена) Карабека». Такая форма типична для русских фамилий, образованных от тюркских имён. Встречается и мужской вариант — Карабеков, где суффикс -ов так же указывает на родство, но уже по мужской линии.

Процесс формирования фамилии был длительным. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Карабековых можно лишь на основании генеалогических исследований. Однако, опираясь на географию распространения имени Карабек, можно предположить, что корни фамилии лежат в регионах Северного Кавказа (особенно у кумыков, балкарцев, карачаевцев), Поволжья (у татар) или Средней Азии. Именно у этих народов имя Карабек было особенно популярно.

Строго говоря, фамилия Карабекова не является исконно русской, а относится к пласту «входных» фамилий, которые вошли в русский именослов из тюркской среды. Это не делает её менее интересной: она — документальный след межэтнических контактов, принятия православия (иногда) или просто фиксации тюркского имени в русских документах.