Фамилия Канцарина — женская форма, мужская, соответственно, Канцарин. В глаза сразу бросается суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Канцарин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Канцар. Основа фамилии — слово «канцар» или «канцарь». Тут есть несколько версий, и самая прямая отсылает к тюркским языкам, где «канцар» (или «ханжар») означает кинжал, короткий кривой нож. Прозвище Канцар могли дать либо мастеру по изготовлению холодного оружия, либо человеку, который постоянно носил такой нож при себе, либо, в переносном смысле, — колкому, острому на язык человеку.

Вторая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований, — связь с диалектным словом «канцер» (рак), которое в южнорусских и украинских говорах могло относиться к упрямому, цепкому человеку. Однако «канцар» с буквой «а» в корне — это более устойчивая форма именно для обозначения кинжала. В пользу тюркского происхождения говорит и география: фамилия Канцарин встречается в регионах, где исторически были сильны тюркские влияния — на юге России, в Поволжье, в казачьих областях. Среди донских и кубанских казаков прозвища, связанные с оружием, были распространены.

Словообразовательная модель типична: прозвище на -арь (мастер или носитель признака) перешло в фамилию через суффикс принадлежности -ин. Встречаются однокоренные фамилии Канцаров, Канцеров — они образованы по той же схеме, но с другим суффиксом (-ов), что говорит о разных диалектных или региональных традициях оформления. Фамилия Канцарина — редкая, в общероссийских списках не частотна, и это дополнительный намёк на то, что её носители происходят из одной локальной группы, возможно, из одного села или станицы.