Фамилия Канцидайло — редкий пример балтийского наследия в русском языке. Её корень — прозвище Канцид, а суффикс -айло прямо указывает на латышскую или литовскую почву. У балтийских народов издревле существовала традиция давать человеку прозвище в дополнение к имени, полученному при крещении, и такие прозвища часто становились основой для фамилий.

Самый правдоподобный путь происхождения — от слова kanceleja (по-латышски «канцелярия»). Скорее всего, предок обладателя этой фамилии был канцелярским служащим, писарем, за что и получил прозвище Канцид. Эта версия подкрепляется и польским словом kancelista — «писарь»: земли современной Латвии (Курляндия) долгое время находились под влиянием Речи Посполитой. Менее вероятна связь с немецким kanzel («церковная кафедра») — это слишком узкое и далёкое от канцелярского быта значение.

Сама форма фамилии подчиняется балтийской грамматике. Латышские фамилии всегда оканчиваются на -s (ср. -as), -is, -us, -а и -е. Когда иноязычная фамилия попадала на латышскую почву, она автоматически приобретала окончание -s. В русском языке это окончание отпало или трансформировалось (Канцидайло вместо Kancidailis). Латышские фамилии легко ассимилируются в русском языке вследствие фонетической близости обоих языков.

Включение латышей в состав Российской империи проходило в два этапа: в 1721 году после победы над шведами и присоединения Ливонии и в 1795 году после присоединения Курляндии. После этого балтийские фамилии стали активно проникать на русскую землю. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Канцид, со временем получил фамилию Канцидайло. В отличие от массовых русских фамилий на -ов или -ин, эта фамилия сохранила узнаваемый балтийский суффикс и прямую связь с родом занятий предка — канцелярской службой.