Фамилия Канупер — редкая, и её происхождение уходит корнями в диалектную лексику. Чтобы понять, что она означала, нужно разобрать основу без привычных суффиксов -ов или -ин, которые в этой фамилии отсутствуют. Канупер — это, скорее всего, прозвище, которое закрепилось за человеком без изменений (так называемая «прозвищная» фамилия, или фамилия в форме существительного).

Самый прямой путь — к слову «канупер» или «кануфер». В русских говорах, особенно в южных и западных регионах, так называли растение пижму (или, реже, иссоп). В народной медицине и быту пижму использовали как пряность, средство от насекомых и лекарственное растение. Прозвище Канупер мог получить травник, знахарь, либо человек, собиравший и продававший такие травы. Вторая, менее вероятная, но возможная версия — искажённое «конопер» (от «конопля»), что также указывало бы на занятие, связанное с коноплёй (её выращивание или обработка).

Модель образования здесь простая: фамилия записана в чистом виде, без патронимических суффиксов, что характерно для украинской, белорусской или южнорусской традиции. Если бы фамилия закрепилась в северных или центральных землях, скорее всего, появился бы суффикс -ов: Кануперов. Форма Канупер без окончания указывает на то, что предок, вероятно, жил на территории современной Украины или в приграничных с ней областях России.

В ономастических словарях эта фамилия встречается редко, но её однокоренные «собратья» — Кануперов, Кануферов — известны в документах XIX века. Споров о происхождении почти нет: «растительная» версия считается основной, а альтернативные (от тюркского или немецкого корня) строятся на случайном созвучии и не имеют убедительных доказательств. Таким образом, предки носителей фамилии Канупер с высокой долей вероятности были людьми, хорошо знавшими травы, либо жили в местности, где это растение было широко распространено и дало им прозвище.