Фамилия Каняфина — женская форма, мужской вариант — Каняфин. В основе лежит имя Каняфи, которое представляет собой диалектную или фонетическую форму арабского имени Гани (Ганий). В переводе с арабского «ганий» означает «богатый», «состоятельный», «обладающий достатком». Имя это входило в мусульманский именник и было распространено среди татар, башкир, а также народов Кавказа.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Каняфи добавлен русский патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность к роду: «чей?» — Каняфин, то есть сын или дочь Каняфи. Это типичный для русской ономастики способ адаптации тюркских и арабо-мусульманских имён. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на согласный, суффикс -ин крепился к основам на -а, -я.

Интересная деталь: в татарской среде имя Гани могло произноситься с твёрдым «к» на месте «г» (как Каня) или с добавлением аффикса -фи, что не редкость для диалектов. Таким образом, Каняфина — фамилия не столько редкая, сколько локально привязанная к регионам с преобладанием тюркского населения: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье. Встречается она и у казанских татар, и у мишарей.

В дореволюционной России носители фамилии Каняфины относились к сословию государственных крестьян или мещан. Дворянской ветви не зафиксировано. Фамилия не попала в массовые списки переселенцев в Сибирь или на Урал, поэтому её география остаётся компактной. Это типичная «гнездовая» фамилия, которая не разошлась широко за пределы прародины.