Фамилия Капчикова в своей основе содержит тюркское слово «капчык» — мешок, кошель, кисет. Человек, получивший прозвище Капчик, мог быть торговцем, менялой или просто бережливым хозяином, который носил при себе кошель. В русских говорах слово «капчик» также могло означать шапку или колпак, что добавляет ещё одну возможную версию происхождения: прозвище могли дать по характерному головному убору.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»). Капчиков — сын или потомок Капчика. Женская форма Капчикова возникла как вариант для замужней женщины или дочери.

Интересно, что фамилия встречается в Забайкалье и Сибири, где исторически было сильное влияние тюркских и бурятских языков. В этих местах «капчик» могло быть не прозвищем, а адаптированной формой местного имени или названия рода. В словаре Б. Унбегауна подобные фамилии на -ов от тюркских основ описаны как следы контактов русских с кочевыми народами.

Спорных версий немного: иногда Капчикова пытаются связать с украинским «капчук» (капюшон), но это менее вероятно, так как основная география фамилии — восточные регионы России. Фамилия редкая, не принадлежала дворянским родам — скорее всего, её носили крестьяне или казаки, у которых прозвища часто становились фамилиями без изменений.