Фамилия Капиткина — женская форма, мужская будет Капиткин. Она относится к часто встречающемуся типу на -ин, что указывает на происхождение от основы, оканчивающейся на -а или -я: Капитка. В старину суффикс -ин означал принадлежность: «чей?» — Капиткин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Капитка. Сама основа Капитка — это уменьшительно-уничижительная форма от канонического крестильного имени Капитон. В православных святцах имя Капитон носил один из севастийских мучеников, и в дореволюционной России оно было распространено в крестьянской и мещанской среде. Суффикс -к- в имени Капитка придавал просторечный, бытовой оттенок, так часто называли детей в семьях, где не стремились к книжной форме.

Есть и вторая, менее очевидная версия, которую редко приводят, но она возможна для южных или западных регионов. В некоторых говорах «капитка» — это диалектное название калитки, маленькой двери в заборе. Тогда прозвище Капитка мог получить либо человек, живший у входа, либо тот, кто занимался изготовлением таких дверей. Однако эта гипотеза слабее: прозвища по названиям частей дома встречаются, но обычно они образуются от более распространённых слов (Ворота, Дверь), а «капитка» — форма узколокальная. Основной и надёжный источник — всё же имя Капитон.

Фамилия Капиткин (и Капиткина) не относится к числу частых. В документах XVIII–XIX веков её носители встречаются в основном в центральных губерниях России — Владимирской, Тверской, Рязанской. Там имя Капитон было в ходу среди крестьян и однодворцев. Интересно, что фамилия могла возникнуть и от прозвища, образованного от глагола «капать» (кап-кап), но с суффиксом -итк- это выглядит искусственно и не подтверждается историческими источниками. Ономастика здесь склоняется к простому решению: Капитка — это Капитон в разговорной форме, а Капиткин — его прямой потомок.

По написанию фамилия устойчива: двойное «т» в корне сохраняется, так как исходное имя Капитон пишется через два «т». Варианты вроде «Капиткин» с одним «т» встречаются, но это уже результат упрощения на письме, а не историческая норма. Таким образом, предки современных Капиткиных — люди, носившие имя или прозвище Капитка, скорее всего, крестьяне или посадские, жившие в средней полосе России.