Фамилия Капнулин — редкая и неочевидная по происхождению. Обычно фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я, но здесь основа «Капнул» — глагольная форма, что сразу наводит на мысль о прозвище.

Самая вероятная версия: Капнулин — это «сын Капнулы». Слово «капнула» в русских говорах могло означать не только действие («уронила каплю»), но и прозвище человека. В диалектах «капнула» — то же, что и «капля», «росинка». Так могли назвать маленького, щуплого человека, либо того, кто носил одежду в горошек, либо просто обладателя какой-то «капельной» особенности (например, носа с капелькой на конце). Суффикс -ин здесь указывает на принадлежность: «чей?» — «Капнулин», то есть потомок человека по прозвищу Капнула.

Вторая версия, менее правдоподобная, но возможная: фамилия могла возникнуть от неканонического имени Капнул — краткой формы от глагола «капнуть» в значении «пролить», «уронить». В старину давали «охранительные» имена, чтобы отвести беду: например, имя Найдён (найденный), Неждан (нежданный). Капнул могло быть таким именем для ребёнка, родившегося «каплей» — то есть слабым, едва выжившим. Но это лишь гипотеза.

Исконная география фамилии — Поволжье и Приуралье. В переписях XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с фамилией Капнулин в Казанской и Вятской губерниях. Там слово «капнула» бытовало в значении «маленькая капля» или «росинка». В других регионах фамилия почти не фиксируется.

В написании возможна путаница: иногда фамилию записывали как «Капнуллин» (с двойной «л»), что могло возникнуть под влиянием татарских фамилий на -уллин. Но это поздняя графическая ошибка: корень у фамилии чисто русский, глагольный.

Однокоренные фамилии — Каплин, Капелькин, Каплинов — встречаются чаще, но Капнулин стоит особняком: он сохранил редкую глагольную форму, которая в современном языке почти не употребляется как прозвище. Носители фамилии — потомки тех, кого в деревне прозвали «Капнула» за рост, внешность или привычку.