Фамилия Капсалямов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней сразу бросается в глаза нестандартный суффикс -ямов, который встречается в русских фамилиях гораздо реже, чем привычные -ов или -ин. Этот суффикс часто указывает на тюркское или арабо-персидское влияние: он мог возникнуть при адаптации фамилий на -ян (армянские) или на -ям (татарские, башкирские). В русской среде такие окончания нередко «обрусевали» добавлением -ов, превращая, например, татарское прозвище Ям в Ямов, а более сложную основу — в Капсалямов.

Корень фамилии, скорее всего, восходит к прозвищу или имени Капсалям. В тюркских языках «кап» может означать «мешок», «сосуд» или «вместилище», а «салям» — арабское слово «мир», «приветствие» (отсюда и имя Салам). Возможна и составная конструкция: «кап-салям» — человек, который «захватывает мир» или «хранит мир» (как мешок хранит содержимое). Однако более правдоподобна версия, что Капсалям — это искажённое арабское имя Кабус (или Кабус-Салям), либо местный диалектный вариант имени Копсалям, где «коп» (тюрк. «много») даёт значение «многомирный» или «очень мирный».

Географически фамилия встречается преимущественно в регионах с татарским и башкирским населением, а также среди кавказских народов, где распространены фамилии на -ямов (например, лезгинские или аварские). В русских переписях XIX века такие фамилии почти не фиксировались, что говорит о позднем закреплении — скорее всего, уже в советское время, при паспортизации, когда тюркские прозвища записывали на русский лад.

Сословная принадлежность предков Капсалямовых неясна: это могли быть как крестьяне, так и ремесленники или служилые люди из татарских мурз. Единственная зацепка — суффикс -ямов, который редко встречается у дворянских фамилий, что указывает на простонародное происхождение. В любом случае, фамилия хранит следы этнического смешения и языковой адаптации, характерной для южноуральского и поволжского пограничья.