Фамилия Капшенинов — редкий случай, когда тюркское прозвище легло в основу не дворянской, а скорее купеческой или служилой фамилии. По той же модели, что и знаменитые Тургенев (от тюркского «турген» — быстрый), Аксаков (от «аксак» — хромой) или Булгаков (от «булгак» — беспокойный), фамилия Капшенинов образована от прозвища Капшен, которое восходит к тюркскому слову «капшан» или «капшын».

Самая правдоподобная версия связывает основу с тюркским глаголом «капша-» — «спешить, торопиться». Соответственно, «капшан» или «капшын» означает «торопливый», «поспешный», а в переносном смысле — «суетливый» или «нетерпеливый человек». Прозвище могли дать человеку, который всё делал быстро, бегом, или, наоборот, тому, кто вечно суетился и создавал видимость бурной деятельности.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Капшен прибавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Капшенин, то есть сын Капшена. Затем добавили суффикс -ов, что типично для фамилий, которые оформлялись в более поздний период или в среде, где стремились к «благородному» звучанию. Двойной суффикс (-ин-ов) встречается реже, чем одинарный, и может указывать на то, что фамилия закрепилась в письменных документах относительно поздно, в XVII–XVIII веках, когда прозвище Капшен уже превратилось в родовое имя.

Географически фамилия тяготеет к южным и восточным регионам России, где было сильно тюркское влияние: Поволжье, Урал, Оренбуржье. Встречается также в казачьей среде. В переписных книгах и ревизских сказках XVIII века можно найти Капшенинов среди купцов и мещан, а также среди однодворцев — потомков служилых людей, которые охраняли южные границы.

Стоит отметить, что существует и менее вероятная версия, связывающая основу с тюркским «капшан» в значении «мешок» или «кошель» (от «кап» — мешок). В этом случае прозвище могло относиться к зажиточному торговцу или человеку, который носил с собой большой кошель. Однако эта гипотеза слабее: в тюркских языках для обозначения кошеля чаще используются другие корни, а глагольное происхождение «торопливый» подтверждается живыми диалектами и тюркскими фамилиями-аналогами (например, татарская фамилия Капшанов).