Фамилия Капшенинова — женская форма, а её мужской вариант — Капшенинов. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Капшень, которое образовано с помощью суффикса -ень. Этот суффикс характерен для русской диалектной и просторечной лексики и часто придаёт слову уменьшительно-пренебрежительный или фамильярный оттенок. Сама основа — «капша» — в северных и сибирских говорах означала «ротозей», «разиня», «медлительный, нерасторопный человек». Таким образом, Капшень — это человек, которого за глаза называли копушей или простофилей. Фамилия закрепилась в мужском роде по стандартной модели: сначала прозвище Капшень, затем отчество «Капшенов сын», а потом и фамилия Капшенинов с суффиксом -ин.

Словообразовательный нюанс здесь в том, что мы видим не самый частый суффикс -ов, а именно -ин. Суффикс -ин обычно присоединялся к основам на -а/-я: Капшеня → Капшенин. Однако в фамилии Капшенинов суффикс -ин стоит перед окончанием -ов. Такая двойная суффиксация встречается реже и могла возникнуть, если первоначальная форма была Капшенин (от Капшеня), а затем по аналогии с массой фамилий на -ов её «дооформили», добавив ещё один суффикс. Либо исходное прозвище звучало как Капшень, и от него сразу образовали притяжательное прилагательное с помощью -ин, а потом — фамилию.

Географически фамилия тяготеет к северу России. Встречается в архангельских, вологодских и вятских записях. В переписях XVII–XVIII веков можно найти крестьян с прозвищем Капша или Капшень в Олонецком крае и на Пинеге. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были, скорее всего, государственными или монастырскими крестьянами, а не дворянами — фамилия осталась в низовых слоях населения и не попала в родословные книги.

Редкая двойная суффиксация (-ин + -ов) отличает Капшениновых от более распространённых однокоренных фамилий вроде Капшиных или Капшановых. Если бы предка звали просто Капша, фамилия звучала бы как Капшин. Форма Капшенинов указывает на то, что прозвище было именно Капшень — более экспрессивный вариант того же корня. В говорах слово «капша» могло также относиться к человеку, который «капшет» — то есть делает что-то медленно, с перерывами, как бы капая. Прямой связи с ремеслом или профессией здесь нет, это чисто бытовая характеристика.