Фамилия Капшиенко — редкий случай, когда суффикс сразу выдаёт географию происхождения с высокой точностью. Формант -енко — это классический украинский патронимический суффикс, означающий «маленький» или «сын такого-то». В XVII–XVIII веках такие фамилии массово закреплялись за казаками и крестьянами Левобережной Украины, Слобожанщины, а затем и Кубани. Поэтому носитель фамилии Капшиенко почти наверняка имеет предков с территории современной Украины или юга России, где оседали выходцы из Малороссии.

Основа фамилии — Капший. Это либо прозвище, либо производная форма крестильного имени. Скорее всего, перед нами вариант имени Капитон (от латинского capito — «головастый», «большеголовый»). В украинской народной традиции церковные Капитоны нередко превращались в Капша, Капшия — так усекали и смягчали имя для повседневного общения. Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «капшити» (ковылять, идти с трудом) или с польским kapsić (портить). Однако для украинской антропонимии характернее именно имя, а не прозвище с негативным оттенком.

По модели образования Капшиенко стоит в одном ряду с фамилиями Шевченко (от Шевко — сын портного), Коваленко (от Коваль — сын кузнеца). Только здесь роль играло не ремесло, а личное имя отца. Человек по прозвищу Капший или Капша обзаводился детьми, которых соседи называли «Капшиенки» — то есть «Капшиевы дети». Со временем это прозвище закрепилось за родом как фамилия.

Интересно, что фамилия Капшиенко почти не встречается в старых реестрах запорожских казаков и в метрических книгах центральной Украины. Это наводит на мысль, что она относительно поздняя и локальная. Возможно, её носители — потомки одного человека, который в XIX веке переселился на Кубань или в Ставрополье, где фамилия и закрепилась. Если искать аналоги, то фамилия Капша (без суффикса) встречается в западных областях Украины, а вот форма с -енко — уже восточноукраинский или кубанский вариант.

В современной России Капшиенко — фамилия редкая. По открытым данным, большинство её носителей живут в Краснодарском крае и Ростовской области, что подтверждает версию о переселении черноморских казаков. Никакой связи со знатными родами или дворянством нет: это чисто крестьянская и казачья фамилия, образованная по самому массовому для своего региона типу.