Фамилия Капский стоит в ряду необычных русских именований, и её происхождение вызывает споры. В отличие от большинства фамилий, образованных от имени или профессии предка, Капский, скорее всего, имеет искусственное происхождение — её могли придумать в семинарии или в среде образованного духовенства.

Одна из гипотез связывает фамилию с древнеримским городом Капена. Этот город находился в Этрурии, неподалеку от священного леса итальянской богини весны и цветов Феронии, и был известен своими Капенскими воротами, от которых начиналась Аппиева дорога. В истории христианства известен святой Вонифатий Капенский (или Капский), Карфагенский — иеродьякон и священномученик, чья память отмечается 17 августа и 8 декабря. Возможно, что, давая такую фамилию, семинаристы ориентировались на этот образец или на латинское слово capsa — ящик, футляр для хранения рукописных свитков.

Но есть и более приземленная версия. Фамилия могла образоваться и «в миру» — от личного прозвища Капа. Суффикс -ск указывает на то, что носитель был «из рода Капы» или «относящийся к Капе». Само прозвище, вероятно, происходит от нарицательного «капа, капь»: так в старину называли меру хлеба, а также образцовую гирю. Отсюда можно сделать вывод, что основатель рода Капских мог быть торговцем, пекарем или человеком, связанным с мерами веса. Интересно, что здесь работает та же модель, что и в фамилии Розов (а не Розин): суффикс -ов присоединяется к словам мужского рода, хотя «роза» — женского.

Таким образом, у фамилии Капский как минимум три разных корня: римско-географический, церковно-латинский и бытовой, от прозвища. Какая из версий верна для конкретной семьи, можно установить только с помощью глубоких генеалогических изысканий.