Фамилия Каптыкова ведет свое начало от прозвища Каптык, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «каптыга». В говорах русского Севера, особенно в архангельских и вологодских землях, так называли деревянную колодку, которую надевали на ногу преступнику или пленному, чтобы тот не убежал. В переносном смысле «каптыгой» могли обозвать неповоротливого, неуклюжего или медлительного человека, который «тащится, как в колодках». Есть и другое, более редкое значение — в некоторых областях «каптык» означал мешок, котомку, что могло указывать на бедного странника или нищего.

Модель образования фамилии типична для русского Севера и Сибири: основа «Каптык» плюс суффикс -ов, дающий «Каптыков». Женская форма «Каптыкова» — это стандартное склонение по принадлежности к роду, то есть «дочь или жена Каптыкова». Интересно, что в XVIII–XIX веках на Русском Севере фамилии с суффиксом -ов часто закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, а не за дворянами. В метрических книгах Вологодской и Архангельской губерний встречаются записи о крестьянах Каптыковых, что подтверждает северное происхождение.

Однокоренные фамилии — Каптыгин, Каптырев — редки и тоже привязаны к северным диалектам. В отличие от более распространенных «профессиональных» фамилий, Каптыкова напрямую не связана с ремеслом или занятием, а отражает внешнюю или поведенческую характеристику. В современной России фамилия встречается нечасто, основная масса носителей сосредоточена в Архангельской, Вологодской и Кировской областях.