Фамилия Капушкина — женская форма фамилии Капушкин, и её разбор стоит начать с уменьшительно-ласкательного суффикса -ушк-. В русской ономастике этот суффикс редок для фамилий, но характерен для прозвищ и имён: Капушка — так могли называть человека с каким-то отношением к слову «капуста». Самая прямая версия — прозвище Капуста давали либо огороднику, торговавшему капустой, либо человеку с крупной или круглой головой (в переносном смысле — «кочан»). Затем к основе Капуст- добавили суффикс -к- (Капустка), а далее типичный для русских фамилий -ин: Капусткин. Но здесь мы видим форму Капушкин, где произошло стяжение: «капустка» через упрощение «ст» в «ш» дало «капушка». Такое фонетическое изменение — не редкость в живой речи: «капустка» звучала как «капушка», и прозвище закрепилось в этом варианте.

Менее вероятная, но допустимая версия — от глагола «капать»: Капушка мог быть прозвищем человека, который что-то капал (лекарь, делающий настойки, или неряха, проливающий еду). Но в этом случае ожидалась бы форма Капкин или Капелькин. Суффикс -ушк- для глагольных прозвищ нехарактерен, поэтому версия с капустой убедительнее.

Географически фамилия Капушкин встречается в основном в центральных и южных регионах России, где капуста была традиционной огородной культурой. Встречаются также варианты Капустин, Капусткин — они более распространены, а Капушкин — более редкая, локальная форма, сохранившая особенности местного говора. В документах XVIII–XIX веков её можно встретить среди крестьян и мещан, так как прозвища от названий овощей и продуктов типичны для непривилегированных сословий. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Капушкина — это фамилия, возникшая от прозвища Капушка, которое, скорее всего, дали огороднику или человеку с приметной внешностью, напоминающей кочан капусты. Фонетическое упрощение сделало её отличной от более прямых однокоренных фамилий.