Фамилия Капускина образована от мужского варианта Капускин, и её основа — не «капуста», как может показаться на первый взгляд, хотя народная этимология часто подтягивает фамилию к огороду. На самом деле корень здесь, скорее всего, связан с диалектным словом «капуск» или «капуска» — так в некоторых русских говорах называли не только кочан, но и стебель капусты, а также грубую, толстую часть растения. Прозвище Капуска могли дать человеку с крупной головой, плотным телосложением или, напротив, тому, кто занимался разведением капусты — огороднику.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Капускин — «сын Капуски» или «из семьи Капуски». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен на -а, -я. Мужской вариант фамилии мог звучать как Капускин, а женский — Капускина, что и закрепилось в документах.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с именем Капитон (в просторечии Капуста или Капуска) через народное переосмысление. Но прямых доказательств этому нет, и ономастические справочники (например, работы Б. Унбегауна) склоняются к прозвищному происхождению от названия растения.

Фамилия редкая, нечастотная. Встречается в основном в центральных и северных регионах России, где огородничество было традиционным занятием. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской среды, а прозвище закрепилось за конкретным родом в XVI–XVII веках, когда начали массово формироваться русские фамилии.