Фамилия Капускин образована от прозвища, а не напрямую от названия овоща, как может показаться на первый взгляд. В её основе лежит слово «капуста», но с уменьшительно-ласкательным суффиксом «-к-»: «капустка». В русских говорах «капусткой» могли называть не только маленький кочан, но и человека — ласково, с иронией или как прозвище за любовь к этому блюду, за круглую фигуру или за то, что он родился в пору заготовки капусты на зиму (в сентябре-октябре, когда по деревням шли «капустки» — коллективные рубки капусты с угощением). Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: «сын Капустки» или «из семьи Капусткиных».

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где суффикс «-ин» особенно распространён в фамилиях от прозвищ, оканчивающихся на «-а», «-я». В южных регионах чаще встречается форма Капусткин (с суффиксом «-к-», перешедшим в основу). Интересно, что в дореволюционных метрических книгах можно найти вариант написания «Капускинъ» — с твёрдым знаком на конце, что для современного читателя не меняет сути, но указывает на дореформенную орфографию.

Однокоренные фамилии — Капустин, Капустников, Капусткин. Капускин стоит особняком: если Капустин чаще всего связывают с прямым прозвищем «Капуста» (за любовь к овощу или за внешность), то Капускин — более «домашний», уменьшительный вариант. Предок-носитель фамилии, скорее всего, не был крупным огородником или торговцем капустой, а получил прозвище в быту, от соседей или родни, как «маленький Капуста» или «Капусточка».

Версия о происхождении от названия деревни Капускино (гипотетической) слабая: топонимов с таким корнем в России практически нет, а известные населённые пункты с похожим названием (Капустин Яр, Капустино) дают фамилии на «-ский», а не на «-ин». Поэтому основная версия — прозвищная, бытовая, что делает фамилию Капускин живым свидетельством деревенского словообразования XIX века.