Фамилия Капустина образована от мирского имени Капуста. В XV–XVI веках это нецерковное мужское имя встречалось у славян достаточно часто. Документы сохранили несколько упоминаний: в 1498 году — холоп Капуста, в 1563 году — Утош Андреев сын Капустин, а в 1582 году в Новгороде — Капуста Андреевич Семичев. Один из носителей, Утеш Андреевич Капустин, был казнен в опричнине в 1570 году.

Имя Капуста давали не случайно. Овощ играл важную роль в быту и обрядах: в некоторых областях кочан капусты вместе с гусем и гречишной половой ставили на стол перед родителями нечестной невесты после свадьбы. В народной медицине свежие листья прикладывали к больной голове, ожогам и ранам. Человек по прозвищу Капуста мог быть либо огородником, торговавшим капустой, либо просто крепким, круглолицым мужчиной, которого так прозвали за внешнее сходство с кочаном.

Фамилия закрепилась в форме Капустина — с типичным русским суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — «Капустин», то есть сын или потомок Капусты. В женском роде фамилия звучит как Капустина. В исторических источниках встречаются разные ветви: в Книге памяти Автономной Республики Крым записан Капустин Карп Иванович, родившийся в 1882 году в Калужской губернии; в Книге памяти Республики Татарстан — Капустин Федор Дмитриевич, 1899 года рождения, из села Нармоновка.

Интересно, что фамилия Капустин (и Капустина) нередко бытует в южных и центральных регионах России, где капуста была одной из основных огородных культур. Встречается и однокоренная фамилия Капустников, образованная от названия профессии — торговца капустой. Однако Капустина — более древняя, восходящая прямо к личному имени, а не к ремеслу.