Фамилия Капустинский — один из вариантов, которые образовались от распространённого в старину нецерковного мужского имени Капуста. В XV–XVI веках это имя встречалось у славян довольно часто, причём не только у простых людей, но и у служилых. Документы сохранили, например, Капусту Андреевича Семичева (1582 год, Новгород) — факт, который прямо указывает, что имя воспринималось как полноценное, а не как обидное прозвище. Был и Утеш Андреевич Капустин, казнённый в опричнине в 1570 году: его фамилия уже образована по другой, более простой модели (на -ин), что показывает, как от одного корня в одно и то же время возникали разные фамильные формы.

Фамилия Капустинский стоит в этом ряду отдельно. Если Капустин — это прямой ответ на вопрос «чей сын?» (сын Капусты), то суффикс -ский вносит иной смысл. В русской ономастике фамилии на -ский часто указывали на географическую привязку: владелец поместья Капустино или выходец из села с похожим названием. Однако в данном случае возможен и другой путь: -ский могли добавить к основе Капустин уже в семинарской среде, искусственно «облагораживая» фамилию по польскому или малороссийскому образцу. Такая практика была обычна для духовенства в XVIII–XIX веках, когда простые «крестьянские» фамилии переделывали в более благозвучные.

Таким образом, предок носителя фамилии Капустинский мог быть либо прямым потомком человека по имени Капуста, но с фамилией, переоформленной позже, либо происходил из местности, связанной с этим же именем или прозвищем. В любом случае корень один — старое русское мирское имя, которое не имело отношения к огороду, а было личным, как Дружина или Ждан.