Фамилия Капустов образована от прозвища или нецерковного имени Капуст. В русской традиции такие «овощные» фамилии — Капустин, Огурцов, Репкин, Морковкин — обычно указывали на занятие предка. Скорее всего, основатель рода Капустовых был огородником, выращивал капусту на продажу, либо владел капустным полем.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, закрепившуюся в XVI–XVII веках: сначала это было притяжательное прилагательное (чей? — Капустов сын), затем оно перешло в наследственное имя. В отличие от фамилии Капустин, где суффикс -ин тоже присоединяется к основе на твёрдый согласный (Капуст-а), форма Капустов встречается реже и могла возникнуть в среде, где основу воспринимали как существительное мужского рода (Капуст — капустный кочан).

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах «капустом» называли не только овощ, но и плотно закутанного человека (от сходства с кочаном), а также скупого или нерасторопного. Однако для фамилии Капустов более вероятна профессиональная привязка — огородничество было массовым занятием, особенно в средней полосе и на юге России. Фамилия встречается в документах XVII–XVIII веков в Курской, Орловской и Воронежской губерниях, что подтверждает связь с чернозёмными районами, где капусту выращивали в больших объёмах.

Однокоренные фамилии — Капусткин (с уменьшительным суффиксом), Капустянский (с украинским окончанием -ский), Капустник (прозвище любителя капусты или торговца). Капустов среди них — одна из самых прямых и прозрачных: она просто называла человека по его делу, без лишних украшений.