Фамилия Капусткина — одна из тех, что образована не от церковного, а от мирского имени или прозвища. В её основе лежит слово «капуста». На Руси это был настолько распространённый и любимый овощ, что имя Капуста встречалось как нецерковное мужское личное имя. Документы сохранили тому подтверждения: в 1582 году в Новгороде упоминается Капуста Андреевич Семичев, а в 1570 году в опричнине был казнён Утеш Андреевич Капустин. То есть фамилия могла пойти напрямую от имени Капуста, а не обязательно от прозвища.

Однако чаще всего такие фамилии возникали из «профессиональных» прозвищ. Человек по прозвищу Капустка, вероятно, выращивал или продавал капусту. Не исключён и бытовой вариант: так могли прозвать любителя этого овоща. Суффикс -к- в прозвище Капустка — уменьшительный, но в данном случае он скорее указывает на бытовую, неофициальную форму именования, чем на маленький размер.

Фамилия образована по типичной русской модели: от основы Капустк- с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность. Капусткина — буквально «жена Капустки» или «дочь Капустки». Это так называемая «женская» форма фамилии, которая исторически закрепилась за женщинами, но в современном русском языке является грамматической нормой для всех носительниц фамилии.

По сравнению с более распространённой фамилией Капустин, форма Капусткина встречается реже. Она сохранила в своей основе уменьшительное прозвище, что делает её более «личной» и конкретной: не просто «потомок Капусты», а «потомок Капустки». Географически фамилия может тяготеть к центральным и северным регионам России, где капуста была основой огородничества, но точных данных о её ареале в открытых источниках нет.