Фамилия Капусткин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на -а/-я с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Капусткин — это «сын Капустки» или «человек из рода Капустки». В основе лежит прозвище или нецерковное имя Капустка, которое, в свою очередь, восходит к слову «капуста».

Прозвище Капустка, скорее всего, относилось к «профессиональным» именованиям и указывало на род занятий человека: он мог выращивать капусту или торговать ею. Капуста была одним из главных овощей на Руси, её заготавливали на зиму в больших объёмах, поэтому человек, связанный с её производством или продажей, был на виду. Не исключено и другое объяснение: так могли прозвать любителя капусты, который не пропускал ни одного пирога с ней.

Кроме того, у славян встречалось нецерковное мужское личное имя Капуста. Это подтверждают исторические документы: в 1582 году в Новгороде упоминается Капуста Андреевич Семичев, а в 1570 году, в разгар опричнины, был казнён Утеш Андреевич Капустин. Форма Капустка — это уменьшительный или обиходный вариант имени Капуста, от которого и пошла фамилия. Таким образом, предок Капусткиных мог носить не прозвище, а именно личное имя, что было обычной практикой вплоть до XVII века.