Фамилия Капюшон — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не изменилось за столетия. В отличие от большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев или -ин, эта стоит особняком: она представляет собой чистую, неоформленную основу. Это так называемая «нетрансформированная» фамилия, то есть бывшее прозвище, которое закрепилось за родом без добавления типичных фамильных окончаний. В русской ономастике такие формы встречаются редко и чаще всего среди потомков духовенства (например, Троица, Рождественский) или выходцев из южных и западных регионов, где украинское и белорусское влияние ослабляло суффиксацию.

Слово «капюшон» пришло в русский язык через польское kaptur или французское capuchon. В старину так называли не только деталь одежды, но и головной убор монахов-капуцинов (от лат. caputium — «капюшон»). Поэтому первая и самая вероятная версия: прозвище Капюшон могли дать человеку, который постоянно носил такую шапку или шил её. Второй вариант — бытовой: так могли прозвать того, кто ходил с накинутым на голову капюшоном, что в крестьянской среде считалось необычным или даже подозрительным (обычай снимать шапку при входе в дом был строгим). Третья гипотеза, менее убедительная, — связь с иноческим званием: в монастырях «капюшоном» иногда называли послушника, носившего клобук, но документальных подтверждений этому по фамилии нет.

Ономастические справочники, в частности работы Б. Унбегауна, отмечают, что фамилии, совпадающие с нарицательными существительными (типа Капюшон, Сорока, Шуба), часто имеют ироничный или пренебрежительный оттенок. В данном случае прозвище могло закрепиться за человеком невысокого роста, который «прятался» в одежде, или, наоборот, за щеголем, любившим модные европейские фасоны. Географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи: в польских и белорусских метриках XIX века встречаются варианты «Каптурон» и «Капюшонович», что указывает на постепенную русификацию исходной формы.

Ещё одна деталь, отличающая эту фамилию от массы других: ударение. В фамилии Капюшон оно почти всегда падает на последний слог, как и во французском оригинале, что косвенно подтверждает не народное, а книжное или городское происхождение прозвища. В деревнях головной убор чаще называли «кукуль» или «башлык», а слово «капюшон» было признаком образованности или принадлежности к дворне, имевшей дело с господами. Так что предки современного носителя фамилии могли быть не крестьянами-землепашцами, а, скажем, портными, слугами или мещанами, перенявшими городскую лексику.