Фамилия Капишон — редкий случай, когда прозвище сохранило устаревшее произношение слова. В основе лежит не современный «капюшон», а его старая форма «капишон», которая бытовала в русских говорах ещё в XIX веке. Так называли откидной головной убор, пришитый к вороту верхней одежды.

Скорее всего, прозвище Капишон дали человеку по профессии — портному, который шил такие капюшоны, либо тому, кто постоянно носил одежду с капишоном и стал ассоциироваться с этой деталью. В ономастике такие случаи называют «профессиональными» именованиями, когда ремесло или характерная вещь переходят в фамилию.

Сама словообразовательная модель проста: прозвище Капишон перешло в фамилию без изменений, без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на сравнительно позднее оформление фамилии, возможно, в среде крестьян или мещан, где прозвища нередко становились фамилиями в исходной форме.

В словарях русских фамилий «Капишон» не встречается часто, что делает её ценной для локальной истории. Поскольку форма «капишон» — диалектная или просторечная, фамилия могла закрепиться в определённых регионах, где такое произношение было нормой. Если сравнивать с однокоренными фамилиями вроде Капюшонова, то Капишон выглядит архаичнее и ближе к живому народному языку.