Фамилия Капишина — женская форма, а её мужской вариант — Капишин. В основе этой довольно редкой фамилии почти наверняка лежит прозвище или мирское имя, образованное от глагола «капи́ть». В русских говорах, особенно северных и центральных, это слово означало «копить, собирать, запасать». Соответственно, Капишой могли прозвать человека бережливого, расчётливого, может быть, даже прижимистого — того, кто «капит добро». Такие прозвища по чертам характера давали в крестьянской среде очень часто, и они легко становились фамилиями.

Гораздо менее вероятна, но всё же возможна связь с диалектным словом «капа» (шапка, колпак) или «капица» (вид головного убора). В этом случае Капиша — человек, носивший необычный головной убор или, возможно, делавший их (шапочник). Однако для фамилий, оканчивающихся на -ин, типично происхождение от личных имён или прозвищ на -а/-я, а не от названий предметов напрямую. Поэтому версия с глаголом «капить» выглядит и логичнее, и встречается в ономастике чаще.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Капишин — «чей?» — сын или потомок Капиши. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, но конкретная основа «Капиш-» встречается нечасто. По географическому распространению фамилия Капишина тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, что косвенно подтверждает севернорусское происхождение глагола «капить».

В дореволюционных переписях фамилия могла фиксироваться с разными окончаниями — Капишин или Капишинов (второй вариант встречается реже и мог возникнуть под влиянием фамилий на -инов). В современной России фамилия остаётся немногочисленной, что делает её интересным объектом для семейного исследования: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов, а не из множества независимых очагов.