Фамилия Капишена образована по редкой для русского быта модели — через суффикс -ен(а), который характерен скорее для украинской или южнорусской традиции. В привычной великорусской схеме фамилии на -ин дают ответ на вопрос «чей?»: Капишин — сын Капиши. Капишена же звучит как форма женского рода: «чья?» — Капишена, то есть жена или вдова Капиши. Такие фамилии часто закреплялись за человеком, если он жил в семье, где главой был носитель прозвища или имени Капиша, а потом фамилия перешла к детям уже без изменений.

Основа — Капиша. Скорее всего, это не каноническое имя, а производное от крестильного имени Капитон (от латинского capito — «головастый», «большеголовый»). В народной речи Капитон превращался в Капишу через типичный для русских говоров суффикс субъективной оценки -ш-. Аналогично: Тимоша от Тимофей, Миша от Михаил. Менее вероятно, но возможно, что Капиша — прозвище от диалектного «капить» (кропать, делать медленно) или «капа» (скупой человек, скряга), но эти версии слабее: фамилия встречается редко, и связь с именем Капитон надёжнее.

Географически фамилия Капишена тяготеет к югу России и Украине. В дореволюционных метрических книгах её фиксировали в Харьковской, Полтавской и Воронежской губерниях. Сословная принадлежность носителей — в основном крестьяне и мещане, что типично для фамилий, образованных от народных форм имени. Дворянских родов с такой фамилией не известно.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия сохранила архаичную форму притяжательного прилагательного женского рода. В современном русском языке она воспринимается как неизменяемая, но исторически её склоняли: «у Капишены», «к Капишене». Такие фамилии — живое свидетельство того, как в XIX веке фиксировали семейные прозвания по матери или по жене, особенно в тех регионах, где патронимическая система была менее строгой.