Фамилия Карпишена — редкий пример, где окончание -а не указывает на женский род, а входит в основу. Это притяжательное прилагательное, образованное с помощью суффикса -ин от прозвища или имени Карпиша. В русской ономастике суффикс -ин (как в фамилиях Пушкин, Ильин) крепится к основам на -а/-я, и здесь он прирос к форме Карпиш-, дав в итоге полную форму: Карпиш + ин + а. То есть буквально «чей?» — Карпишин, но в историческом написании закрепилась огласовка через «е».

Основа Карпиш — это уменьшительно-ласкательная или уничижительная форма от канонического имени Карп. Имя Карп пришло из греческого языка (karpos — «плод») и было распространено в крестьянской среде, особенно в южнорусских и украинских землях. Суффикс -иш- в русских прозвищах часто придаёт оттенок пренебрежения или шутливости — так могли назвать маленького, худощавого или просто младшего в семье Карпа. В украинском языке этот суффикс встречается чаще и звучит как -иш-, что подтверждает возможную западнорусскую или малороссийскую привязку фамилии.

Географически фамилия Карпишена — редкая, её следы встречаются в документах XIX века на территории современной Украины (Полтавская, Черниговская губернии) и в южных областях России. Сословно носители, скорее всего, относились к государственным или помещичьим крестьянам — фамилии на -ин редко встречались у дворянства, если только не были образованы от прозвищ, а не от полных имён.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Карпов, Карпушкин, Карпин) показывает, что Карпишена — одна из самых редких форм. В отличие от массового Карпова, она сохранила уникальную суффиксальную цепочку, которая не дала фамилии «обкататься» до стандартного окончания -ов. Если искать предков, стоит обратить внимание на переписи населения Полтавщины и Харьковщины — именно там прозвище Карпиша могло закрепиться как родовое имя.