Фамилия Карпишенко — яркий пример украинской модели фамилии, где суффикс -енко указывает на происхождение по отцу: «сын Карпиша». В отличие от стандартного русского патронима на -ов или -ин, украинские фамилии на -енко в XVII–XIX веках стали массово закрепляться за казаками и крестьянами Левобережной и Слободской Украины. Карпишенко, таким образом, означает «потомок человека по прозвищу или имени Карпиш».

Основа фамилии — Карпиш. Это уменьшительная или пренебрежительная форма от канонического имени Карп (от греческого karpos — «плод»). В народной среде имя Карп было популярно, и от него образовалось множество производных: Карпенко, Карпов, Карпуша, Карпик. Вариант Карпиш встречается реже, и именно он дал начало фамилии Карпишенко. Суффикс -иш в украинской антропонимии часто передавал оттенок просторечия или принадлежности к младшему поколению, так что Карпишенко могло означать «внук Карпа» или «сын того, кого звали Карпиш».

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины: Полтавщина, Черкасщина, Киевщина. В России она встречается как результат миграций XIX–XX веков, особенно в приграничных регионах (Курская, Белгородская области) и на Кубани. Встречается и вариант написания с одной «с» — Карпишенко, но он не меняет сути.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были казаками или крестьянами, так как именно эти группы активно использовали модель на -енко. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано. Если верить данным переписей, в XIX веке Карпишенки числились в основном государственными крестьянами и мещанами, что типично для украинских фамилий этого типа.

Есть и другая, менее вероятная версия: от прозвища Карпиш, связанного с рыбой карп. В украинских говорах «карпиш» могли называть рыболова или торговца рыбой, но антропонимический разбор говорит в пользу имени: суффикс -енко нехарактерен для прозвищных фамилий, образованных от названий животных или предметов. Так что основная версия — от имени Карп через форму Карпиш.