Фамилия Карпышин образована по модели, которая встречается реже, чем типовые -ов и -ин, но чётко указывает на происхождение от прозвища или имени. Основа здесь — Карпыш, а суффикс -ин в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — Карпышин, то есть сын или потомок Карпыша. В отличие от фамилий на -ов (сын Карпа), суффикс -ин чаще крепился к прозвищам и именам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный. И Карпыш — как раз такой случай.

Само имя или прозвище Карпыш — это производное от канонического имени Карп. В святцах есть святой Карп, один из семидесяти апостолов, так что имя было крестильным, хоть и не самым частым. В народной среде его переоформили в ласкательную или уменьшительную форму, добавив суффикс -ыш, который придаёт оттенок «маленький», «младший». Так Карп превращался в Карпыша — буквально «маленький Карп», «Карпёнок». Фамилии с суффиксом -ыш-ин (ср. Малышин, Голышин) фиксируются в русской ономастике, но не массово, что делает Карпышина фамилией с заметной словообразовательной редкостью.

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от прямого значения слова «карп» — рыба. Прозвище Карпыш могли дать рыболову, торговцу рыбой или просто человеку с рыхлой фигурой. Однако ономасты (например, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») указывают, что в основе фамилий на -ин от названий рыб чаще лежат не сами рыбы, а личные имена (Карп, Линь, Щука как прозвища). Так что версия с крестильным именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где имя Карп было в ходу у крестьян и мещан. Встречается она нечасто — в реестрах переписей XIX века Карпышины упоминаются в Воронежской, Тамбовской и Саратовской губерниях. Сословно это были преимущественно государственные крестьяне и однодворцы, то есть люди, не знавшие крепостной зависимости. Фамилия не перешла в дворянские роды, что соответствует её простонародному происхождению.

Таким образом, Карпышин — это фамилия-отчество от уменьшительной формы имени Карп, с редким суффиксальным оформлением. Предок носителя, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, которого в быту звали Карпышем — либо по имени, либо по прозвищу, связанному с рыбой.