Фамилия Капышин — редкий случай, когда суффикс и окончание почти спорят друг с другом о происхождении. Окончание «-ин» однозначно указывает на притяжательную модель: «чей?» — Капышин, то есть сын или потомок Капыши. А вот основа «Капыш-» — это не полное имя, а прозвище, и здесь начинается самое интересное.

Прозвище Капыша, скорее всего, связано с диалектным словом «капыш» — так в некоторых русских говорах (особенно на севере и в Сибири) называли мешок, котомку, заплечный короб, а также нечто вздутое, пухлое. Человек мог получить такое прозвище за привычку носить с собой большой мешок, за мешковатую одежду или за внешнюю полноту. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «капышиться» — медлить, копаться, возиться (отсюда же «канитель»). В этом случае прозвище могло закрепиться за неторопливым или кропотливым человеком.

Суффикс «-ыш» в прозвищах характерен для северо-западных и центральных областей России (сравните: Малыш, Голыш, Торопыга, но в форме на «-ыш» — Капыш). Он придаёт слову оттенок уменьшительности или пренебрежительности, но в фамилиях эта окраска стёрлась. Интересно, что фамилия Капышин встречается значительно реже, чем её «близнецы» Капышов или Капышев (с суффиксом «-ов»), что может говорить о том, что предок носителя жил на территории, где преобладала модель «-ин» — то есть, вероятно, в бассейне Оки или в северных землях.

Поскольку корень не связан с крестильным именем, можно уверенно говорить: фамилия образована от мирского прозвища в среде крестьян или посадских людей. Точную дату возникновения назвать невозможно, но модель «прозвище + -ин» активно работала в XV–XVII веках. Социальный статус первых Капышиных, скорее всего, был невысок — прозвища такого типа редко давали знати. В современных справочниках фамилия не упоминается среди дворянских родов, что подтверждает её «простое» происхождение.