Фамилия Капышев в своей основе, скорее всего, имеет тюркское личное имя Капыш. Оно составное: первая часть «кап» означает «близкий кровный родственник», а вторая — «иш» переводится как «товарищ, спутник, друг, помощник», «ровня» или «подобный». В более широком смысле «иш» могло означать «пара» или «добавка», что указывало на порядок рождения: носитель имени был не первым, а вторым ребёнком в семье, как бы «добавкой» к первенцу. Таким образом, имя Капыш можно истолковать как «тот, кто равен близкому родственнику» или «друг для близкого родственника».

Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае суффикс встал на место финального -ш основы Капыш, дав форму Капышев — «сын Капыша».

Тюркские имена с элементом «кап» встречаются в среде народов Поволжья и Приуралья — у татар, башкир, чувашей. Поэтому предки носителей фамилии Капышев, вероятно, происходили из этих регионов и входили в состав служилых людей, торговцев или крестьян, принявших православие и получивших фамилию по имени отца. Сравните с однокоренными фамилиями Капышев, Капышевский, а также более редкой формой Капыш — все они восходят к одному именному гнезду.