Фамилия Капышева образована от тюркского имени Капыш. В его основе лежат два корня: «кап» (близкий кровный родственник) и «иш» (товарищ, спутник, друг, помощник, ровня, а также «парный» или «подобный»). Имя Капыш переводят как «тот, кто равен близкому родственнику» или «друг, пара для близкого родственника». Элемент «иш» в данном случае мог указывать на то, что носитель имени был не первым ребёнком в семье — он воспринимался как «пара» или «добавка» к старшим детям.

По модели образования фамилия относится к патронимическим на -ев, то есть указывает на происхождение от отца по имени Капыш. Такая схема типична для русских фамилий, возникших в среде, где тюркские имена адаптировались к славянской словообразовательной системе. Суффикс -ев присоединяется к основам на мягкий согласный или шипящий, что и произошло с именем Капыш.

Географически фамилия Капышева встречается в регионах, где исторически были сильны тюркско-славянские контакты — в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири. Это не случайно: многие тюркские имена вошли в русский обиход через татарскую и башкирскую среду, особенно в XVI–XIX веках, когда происходило активное смешение населения.

Процесс закрепления фамилий был длительным, и точное место и время возникновения рода Капышевых можно установить только в ходе генеалогического исследования. Однако уже сейчас ясно, что фамилия несёт в себе указание на родственные связи и социальную роль предка — он был «ровней» или «другом» для кровных родственников, возможно, младшим сыном, который дополнял семейную структуру.