Фамилия Карпышева — женская форма мужской фамилии Карпышев, и её происхождение напрямую связано с именем Карп. В основе лежит каноническое крестильное имя Карп, которое пришло на Русь из греческого языка и означает «плод». От этого имени образовано множество фамилий: Карпов, Карпухин, Карпенко, Карпович. Карпышев стоит в этом ряду особняком благодаря редкому суффиксу -ыш-.

Суффикс -ыш- в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно он придаёт слову уменьшительно-ласкательный или, наоборот, пренебрежительный оттенок (ср.: глупыш, крепыш, малыш). В фамилии Карпышев он, скорее всего, работает как патронимический: Карпыш — это не просто уменьшительное от Карпа, а форма, обозначающая «сын Карпа» или «Карпов отпрыск». Модель образования проста: прозвище или неофициальное имя Карпыш → притяжательное прилагательное Карпышев (чей? — Карпышев сын) → фамилия.

Вероятно, предок носителя фамилии был крестьянином или посадским человеком, которого в быту звали не полным именем Карп, а уменьшительным Карпыш. Такие формы были типичны для повседневного общения в XV–XVII веках. Географически фамилия могла закрепиться в центральных и северных регионах России, где суффикс -ыш- был более распространён в прозвищах, чем на юге. В отличие от массовой фамилии Карпов, Карпышев встречается реже, что может указывать на локальное происхождение — из одной или нескольких крестьянских общин.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «карпыш» — так в некоторых говорах называли не только карпа, но и небольшого карася или вообще мелкую рыбу. В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище рыбака или человека, похожего на эту рыбу (например, молчаливого или скользкого). Однако первая версия — от имени Карп — представляется более надёжной, поскольку подавляющее большинство русских фамилий на -ышев образованы именно от имён (Грибышев от Григорий, Демышев от Демьян).