Фамилия Капишонов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не прозвище и не профессия, а искажённое церковное имя. В её основе лежит имя Капитон (от латинского capito — «большеголовый»). Однако в народной речи имя нередко произносили как «Капишон» — с заменой «т» на «ш» под влиянием диалектного произношения или просто для удобства выговора. От этой просторечной формы и образована фамилия: Капишон + патронимический суффикс -ов, то есть «сын Капишона».

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сложилась в центральных и северных областях России, где такие окончания преобладали. На юге и в Белоруссии чаще встретился бы вариант Капишоненко или Капишонюк, но форма Капишонов — типично великорусская, помещичья или крестьянская, а не дворянская (дворянские фамилии на -ов чаще образовывались от полных церковных форм).

Интересно, что в русских говорах слово «капишон» существовало и само по себе — так называли капюшон, головной убор. Но в данном случае маловероятно, что фамилия произошла от названия одежды: суффикс -ов в прозвищах по предмету быта почти не использовался (было бы «Капишонов» в значении «чей-то капюшон», что бессмысленно). Версия с именем Капитон гораздо логичнее: имя было частым у крестьян, а его просторечный вариант дал фамилию без всякой связи с ремеслом.

Географически фамилия встречается крайне редко. По данным переписей, основные очаги — Тверская и Костромская области, что совпадает с зоной бытования имени Капитон в XIX веке. Носители, вероятно, были потомками крепостных крестьян или однодворцев. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано — это чисто народная, «тихая» фамилия, которая сохранилась благодаря тому, что имя Капитон не вышло из обихода в глубинке.