Фамилия Капишонова — женская форма фамилии Капишонов. Её основа — прозвище или нецерковное имя Капишон, которое восходит к французскому «capuchon» (капюшон, колпак). В русском языке это слово закрепилось в форме «капишон» (или «капюшон») и означало головной убор, часто монашеский — отсюда «капуцин» (монах в капюшоне). Носителя прозвища Капишон могли выделить по характерной одежде: либо он носил капюшон, либо шил или торговал такими головными уборами.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов (в мужской форме) указывает на принадлежность — буквально «сын Капишона», «из рода Капишона». Женская форма Капишонова — это «дочь/жена Капишона». Фамилия довольно редкая, и её география неширокая: встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, где могли оседать выходцы из западных земель или горожане, знакомые с европейской модой.

Интересная деталь: написание через «и» (Капишонов, а не Капюшонов) — архаичное, дореформенное. До орфографической реформы 1918 года слово «капюшон» писали как «капишонъ», через «и». Это значит, что фамилия могла закрепиться в письменных источниках ещё в XVIII—XIX веках, когда такое написание было нормой. Позже, с изменением орфографии, фамилия сохранила старую форму, а слово в языке изменилось.

В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилии на -ов от названий головных уборов рассматриваются как типичные «ремесленные» или «прозвищные»: Шапкин, Колпаков, Капишонов — все они указывают на внешний признак или занятие предка. Таким образом, предок носительницы фамилии Капишонова мог быть либо человеком, которого прозвали за любовь к капюшону, либо мастером, их изготовлявшим. Других версий, например от имени собственного или топонима, по этой фамилии нет — корень слишком прозрачный.