Фамилия Карабушина — женская форма, мужская — Карабушин. Обе образованы по классической русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Карабушин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Карабуша. Основа фамилии — прозвище, а не календарное имя, и это сразу задаёт направление поиска: предок получил его за какую-то внешнюю или поведенческую черту.

Самая вероятная версия связывает Карабушу с тюркскими корнями. В тюркских языках «кара» значит «чёрный», «тёмный». Вторая часть — «буш» или «буша» — имеет несколько значений: в одних диалектах это «голова», в других — «плотный, толстый». Собирательно Карабуша могло означать «черноголовый» (по тёмным волосам) или «тёмный, плотный человек» (по комплекции). Такие прозвища были распространены в зонах русско-тюркского пограничья: в Поволжье, на Урале, в южнорусских степях, где оседали выходцы из татарских, башкирских или ногайских родов.

Есть и альтернативное, но менее убедительное объяснение: от диалектного русского глагола «карабушить» — мять, комкать, делать кое-как. В этом случае прозвище Карабуша мог получить неаккуратный работник или тот, кто «карабушил» (месил) глину, тесто, кожу. Однако эта версия слабее: во-первых, сам глагол редкий и локальный, во-вторых, фамилии на -ин от глагольных основ в русском языке нетипичны (обычно они образуются от существительных). Тюркская этимология надёжнее и типологически распространённее.

Фамилия Карабушина не относится к числу дворянских или столбовых. Её носители — скорее всего, крестьяне, однодворцы или мещане из регионов с сильным татарским влиянием. На это указывает и суффикс -ин: в русской антропонимии он чаще встречается в простонародных фамилиях (в отличие от дворянских -ов/-ев). По переписям XIX века основная масса Карабушиных фиксируется в Симбирской, Самарской и Оренбургской губерниях, что подтверждает привязку к Волго-Уральскому региону.

Сравнивать фамилию стоит с однокоренными Карабулатов, Карабаев, Карамышев — все они содержат тюркское «кара» и указывают на тёмный цвет или мрачную внешность как основу прозвища. Карабушина стоит в этом ряду, но с более редкой второй частью, что делает фамилию локально характерной, а не массовой.