Фамилия Карачакова — женская форма фамилии Карачаков. Её основа не связана с общеславянскими корнями, а уходит в тюркские языки, что сразу указывает на возможное происхождение носителей из регионов Поволжья, Урала или Северного Кавказа. Разбираем фамилию по составу: корень «карач-» и суффикс «-ак» плюс родовое окончание «-ов». Модель образования типична для русских фамилий, но основа — явно заимствованная.

Самый правдоподобный вариант — связь с тюркским словом «карача» или «карачы». В тюркских языках «кара» означает «чёрный», а «-чы» — суффикс деятеля. То есть «карачы» — это «чернорабочий», «смотрящий за чёрным скотом» или, в более узком смысле, «пастух». В карачаево-балкарском языке слово «къарачы» означает именно «пастух», а в некоторых диалектах — «сторож» или «надсмотрщик». Таким образом, прозвище Карачак могли дать человеку, который пас скот или следил за порядком.

Есть и другая гипотеза: фамилия могла образоваться от этнонима. Карачаевцы — тюркоязычный народ на Северном Кавказе, и прозвище Карачак («карачаевец») давали человеку, который происходил из этого народа или был связан с ним. Эта версия особенно вероятна для фамилий, бытующих в Ставропольском крае, Карачаево-Черкесии или среди переселенцев в Средней Азии. Суффикс «-ак» в тюркских прозвищах часто придаёт оттенок принадлежности или уменьшительности, так что Карачак могло быть и ласковым именем для ребёнка из карачаевской семьи.

В русской ономастике фамилии на «-ов» с тюркской основой — обычное дело, особенно среди крещёных татар, башкир, ногайцев. Карачаковы могли быть как крестьянами или казаками, так и служилыми людьми, которые получили прозвище по роду занятий или национальности. Встречается фамилия и в документах XIX века, например, в списках жителей Оренбургской губернии, где оседали переселенцы с Кавказа. Сегодня фамилия Карачакова нередка в Татарстане, Башкортостане и на Северном Кавказе, но её носители живут и в центральной России — следствие миграций XX века.