Фамилия Караченов на первый взгляд кажется простой, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько загадок. Её основа, «Карачен», не имеет очевидного и единственного толкования, что делает эту фамилию особенно интересной для этимолога.

Самый вероятный путь образования — от прозвища или нецерковного имени Карачун. В древнерусском языке «карачун» (или «корочун») означало внезапную смерть, злого духа, а также день зимнего солнцестояния — 25 декабря. Прозвище Карачун могли дать человеку с суровым, мрачным нравом, либо родившемуся в этот день. Фонетически форма «Карачен» могла возникнуть как диалектный или упрощённый вариант: в некоторых говорах «чун» переходило в «чен» под влиянием других суффиксов. Далее фамилия образовалась по стандартной патронимической модели: Карачен → сын Карачена → Караченов. Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду человека с таким прозвищем.

Менее распространённая, но лингвистически допустимая версия связывает фамилию с тюркским корнем «кара» — «чёрный». В этом случае «Карачен» могло быть прозвищем, означающим «черненький» или «чернявый», с уменьшительным суффиксом -чен. Однако для русского ономастикона такая модель нетипична: тюркские прозвища чаще давались в полной форме (Карач, Караев), а не с русским уменьшительным окончанием. Поэтому версия с Карачуном выглядит убедительнее.

В исторических документах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Она могла возникнуть в центральных или южных русских землях, где диалекты сохраняли слово «карачун» в активном обиходе. Сословный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским — фамилия не имеет дворянского суффикса или книжного звучания.

В современном написании фамилия устойчива, без вариантов. Её редкость делает каждого носителя носителем редкого и выразительного прозвищного имени, корни которого уходят в народные представления о времени, судьбе и характере.