Фамилия Каракенова — довольно редкая, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ова указывает, что перед нами женская форма фамилии; мужской вариант — Каракенов. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от основы, оканчивающейся на согласный. Значит, в основе лежит прозвище или имя Каракен.

Корень Карак- сразу привлекает внимание. Он явно не славянского происхождения. Скорее всего, он тюркский. В тюркских языках «кара» означает «чёрный», «тёмный», «сильный» или «великий» (в зависимости от контекста и языка). Вторая часть — «кен» — может восходить к слову «кен» (широкий, просторный) или к «кен»/«ген» (как вариант имени, например, от имени Кенже — младший). Реже «кен» связывают с тюркским «кен» (руда, копь) или персидским «кан» (источник, рудник). Таким образом, Каракен могло быть составным прозвищем: «Чёрный широкий» или «Великий простор», либо именем-оберегом «Тёмный (незаметный) младший сын».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские и славянские народы: Поволжье (татары, башкиры), Казахстан, Киргизия, а также юг России. Встречается она и в среде карачаевцев и балкарцев, где «къара» — «чёрный», а «кен» может быть частью личного имени. В русской среде фамилия закрепилась, когда носитель тюркского прозвища (Каракен) перешёл в православие или просто стал частью русского сословия, а его потомки получили стандартное патронимическое окончание -ов.

Модель образования проста: прозвище Каракен + суффикс принадлежности -ов. Первым носителем мужского пола был человек, которого звали Каракен. Скорее всего, это был невысокого роста, смуглый или темноволосый мужчина, либо тот, кто жил на обширной, «чёрной» (неплодородной или густо заросшей) земле. В тюркской среде «кара» часто входило в имена знатных людей (Кара-хан), но могло быть и просто описательной приметой.

Спорных версий здесь немного. Можно предположить, что основа восходит к иранскому «кара-кан» (делающий чёрное), но тюркская этимология убедительнее из-за распространённости корня «кара» в антропонимии народов Евразии. В любом случае, фамилия Каракенова — яркий пример того, как тюркское прозвище органично влилось в русскую фамильную систему, сохранив память о внешности, характере или месте жительства далёкого предка.