Фамилия Каракуян — редкая и неочевидная для русского уха. Её основа сразу выдаёт нерусское происхождение, и ключ к разгадке лежит в тюркских языках. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища, которое дали человеку по внешнему признаку или животному.

Разбираем слово по частям. «Кара» в большинстве тюркских наречий (татарском, башкирском, казахском, турецком) означает «чёрный», «тёмный», а также может употребляться в переносном смысле — «простой», «народный» или как усилитель значения. «Куян» — это «заяц». Таким образом, буквальное значение прозвища Каракуян — «чёрный заяц». Вряд ли речь шла о масти животного. Скорее, так могли прозвать смуглого, черноволосого или очень быстрого и юркого человека, либо того, кто занимался охотой на зайцев или имел с ними какое-то промысловое дело.

По модели образования фамилия Каракуян — это застывшее тюркское прозвище, которое не получило русского суффикса (-ов, -ев, -ин). Такое часто случалось, если носитель был выходцем из татарской, башкирской или другой тюркской среды, и фамилию записали в документах в «голом» виде, без адаптации. В русском языке фамилии на чистую основу без суффикса — редкость, и они почти всегда указывают на иноязычные корни. Встречаются они преимущественно в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье и среди сибирских татар.

Стоит упомянуть и менее вероятную, но возможную версию. В некоторых тюркских диалектах «куян» могло быть не только зайцем, но и, например, названием растения или местности. Однако ономастические работы, в частности словарь тюркских фамилий, подтверждают, что зооморфные прозвища с компонентом «кара» — одни из самых распространённых. Сравните с фамилиями Карабулат (чёрная сталь), Карамышев (от «карамыш» — чёрный кот/рысь) — логика та же.

Встречаемость фамилии Каракуян сегодня крайне низкая. В открытых базах данных переписей и телефонных справочниках она фиксируется единично, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в пределах одной семейной ветви. Носители этой фамилии, скорее всего, — потомки тюркского населения, которое жило в смешанных регионах и сохранило исконную форму прозвища без русификации.