Фамилия Каракуяну — редкий случай, когда географическая привязка почти очевидна, а корень вызывает споры. Это румынская (молдавская) фамилия, образованная по модели, типичной для восточно-романского ареала: суффикс -яну (варианты: -ану, -еску, -ешть) указывает на происхождение из определённого места или принадлежность к роду. Буквально: «тот, кто из Каракуя» или «сын/потомок Каракуя».

Сложность в основе — Каракуй. Здесь две версии, и обе имеют право на жизнь.

Первая — тюркская. «Кара» в тюркских языках значит «чёрный», «тёмный», «северный», а «куй» может быть искажением «кой» (овца) или «кул» (раб, слуга). В степной топонимике «Каракуй» — нередкое название урочища или колодца: «чёрный колодец» (от тюркского «куйу» — колодец). Если так, предок носителя фамилии жил у такого колодца или в местности Каракуй. В пользу этой версии говорит распространённость тюркских топонимов на юге Молдовы и в Буджаке, где веками жили гагаузы, ногайцы и татары.

Вторая — славянская, но слабее. В русских говорах «каракуй» — диалектное название каракуля (завитка, узора) или, в переносном смысле, человека с кудрявыми волосами. Однако для фамилии с румынским суффиксальным оформлением это маловероятный источник: прозвище по внешности дали бы на местном языке, а не на великорусском диалекте.

Суффикс -яну (как в фамилиях Каракуяну, Кожокарю, Крецул) типичен для северо-восточных румынских земель и Бессарабии. В XIX веке, после присоединения Бессарабии к России, такие фамилии фиксировались у молдавских крестьян и мещан. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была сельской: земледельцы, чабаны, ремесленники. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Итог: фамилия Каракуяну — это указание на родом из места с тюркским названием (вероятно, колодца или селения), адаптированное молдавским суффиксом. Встречается она в основном в Молдове и среди молдавской диаспоры, в России — единично.