Фамилия Каракин образована от прозвища Карака. В её основе лежит тюркское слово «карак» (qaraq), которое в разных диалектах могло означать и «глаз», и «вор». Отсюда и два основных прочтения фамилии. Первое — прозвище по внешности: Каракой называли человека с большими, выразительными глазами (или, наоборот, кривого, одноглазого). Второе — прозвище по поведению: «карак» как «вор» давало характеристику плуту и мошеннику.

Одно из ранних упоминаний этого прозвища встречается в реестре 1649 года, где записан «Козак Карака». Эта запись ценна не только датой, но и указанием на социальную среду — казачество, где прозвища были особенно живучи и часто переходили в фамилии.

Фамилия образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ин. Он присоединялся к основам на -а/-я: Карака → сын Караки → Каракин. Суффикс указывает на принадлежность, буквально «чей?» — «Каракин сын». Со временем притяжательная форма закрепилась как наследственная фамилия.

В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от основ на согласный, модель на -ин характерна для прозвищ и имён, оканчивающихся на гласный. Это сразу относит Каракина к древнему пласту русских фамилий, возникших в народной среде, а не в дворянских или церковных кругах. Среди однокоренных — Караков (от той же основы, но с другим суффиксом) или Каракаев, что говорит о широком бытовании прозвища в разных регионах.

Однозначно выбрать между «глазом» и «вором» сложно. Оба значения одинаково типичны для народных прозвищ, которые часто давали по самой заметной черте внешности или характера. География фамилии (она встречается и в Поволжье, и в казачьих областях) тоже не даёт решающего перевеса ни одной из версий — тюркские заимствования были распространены повсеместно.