Фамилия Каракин образована от личного прозвища Карака. В русской ономастике это типичная патронимическая модель: суффикс -ин указывает на принадлежность потомку человека с таким прозвищем. То есть Каракин буквально означает «сын Караки» или «из рода Караки». Основа прозвища допускает два основных толкования, оба восходят к тюркским языкам.

По первой версии, Карака происходит от древнетюркского qaraq — «глаз». Прозвище могли дать человеку с большими или, наоборот, с одним глазом — то есть по заметной внешней примете. Вторая версия связывает прозвище с татарским словом «карак» в значении «вор». Тогда Каракой называли мошенника, плута, и прозвище носило социально-оценочный характер. Обе гипотезы имеют право на существование, но первая (по внешнему признаку) кажется более правдоподобной: прозвища по физическим особенностям встречаются в русских фамилиях значительно чаще, чем порицательные клички.

Одно из ранних упоминаний этого прозвища относится к середине XVII века: в реестре 1649 года записан Козак Карака. Эта запись важна не только как датировка, но и как указание на среду бытования: казачество. В казачьей среде прозвища приживались легко и часто становились основой фамилий. Таким образом, фамилия Каракин могла сформироваться на южных или юго-восточных окраинах Русского государства, где тюркские заимствования в языке были обычным делом.

Стоит заметить, что в русских фамилиях встречается и вариант Караков — с суффиксом -ов, который тоже образуется от той же основы, но по другой словообразовательной модели. Каракин — более редкий вариант, что делает его интересным для генеалогического поиска. Точное место и время возникновения фамилии сейчас установить сложно: процесс закрепления фамилий шёл неравномерно, и в разных регионах он завершился в разное время. Однако ясно, что корни Каракиных уходят в XVII век, а сама фамилия — памятник живого взаимодействия славянской и тюркской культур.