Фамилия Карамушенко разворачивается с украинского юга, и её ключ — в суффиксе «-енко». Это типичная фамилия «патронимической» модели, распространённой в Поднепровье, Слобожанщине и Запорожье: она буквально означает «маленький Карамуш» или «сын Карамуша». В XVII–XVIII веках такие фамилии закреплялись за казаками, мещанами и крестьянами, и Карамушенко, скорее всего, вышел из казацкой или крестьянской среды Левобережной Украины.

Основа «Карамуш» — тёмная и редкая. Первое, что приходит на ум, — тюркский корень «кара» (чёрный), знакомый по множеству фамилий: Каратаев, Карабанов, Карамышев. Вторая часть может восходить к тюркскому «муш» (кот, кошка) или к диалектному «муш» — так в южнорусских говорах называли мышь. Правдоподобнее версия с «чёрным котом»: такое прозвище могли дать человеку за смуглость, ловкость или ночной образ жизни. Менее вероятно, но не исключено, что «Карамуш» — это искажённое мусульманское имя Карамурад или Карамурза, где «кара» усиливает значение (великий, могучий).

В отличие от фамилий на «-ов», которые сразу указывают на владельца — «чей сын?» — Карамушенко сохраняет живую форму уменьшительности. В документах XIX века её могли записать как Карамушенков, но украинская огласовка закрепилась. Сегодня фамилия встречается в основном в Центральной и Восточной Украине, а также в Краснодарском крае и Ростовской области — там, где оседали переселенцы с Украины в XIX–XX веках.

Однокоренных фамилий немного, и это делает Карамушенко ценной для ономастики: она сохранила редкую основу, которую не стёрли ни унификация написания, ни миграция. Если ваш предок носил её, он, скорее всего, жил в среде, где прозвища давали по внешним приметам или повадкам, а не по профессии.