Фамилия Карапачинская — женская форма фамилии Карапачинский, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ский (в женском роде -ская) указывает на польское, украинское, белорусское или южнорусское происхождение. В отличие от простых фамилий на -ов и -ин, которые образовывались от имени или прозвища отца, модель на -ский часто давали дворянам, духовенству или переселенцам, указывая на место, откуда человек родом (по названию села, местечка или усадьбы).

Основа «Карапачин-» почти наверняка восходит к топониму — названию населённого пункта. Наиболее вероятный кандидат — село Карапачи (или Карапач), которое встречается в исторических документах на территории современной Украины. Например, в Волынской губернии (ныне Ровенская область) известно село Карапачи. Житель такого села получал прозвание Карапачинский, то есть «тот, кто из Карапачей». Со временем это указание на место закрепилось как наследственная фамилия.

Если отбросить географическую версию, можно предположить, что в основе лежит прозвище Карапач. В тюркских языках «кара» означает «чёрный», а «пач» (или «бач») может означать «голова», «начальник» или «старший брат». В таком случае Карапач — это человек с чёрной головой (по цвету волос) или, в переносном смысле, «чёрный князь». Однако эта версия менее убедительна: суффикс -инский редко присоединяют напрямую к прозвищу без топонимического посредника. Скорее, прозвище Карапач дало название селу, а от села уже пошла фамилия.

В польской и украинской ономастике фамилии на -ский (как Карапачинский) нередко указывают на шляхетское происхождение их носителей. Владельцы земель или жители одного поместья брали фамилию по названию своего имения. Впрочем, к XIX веку такие фамилии распространились и среди крестьян, особенно после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным давали фамилии по названию их родной деревни.

В написании Карапачинская обращает на себя внимание двойное «а» в корне: Карапач-, а не Коропач-. Это отличает фамилию от похожих Коропачинский или Коропачевский, которые могли образоваться от украинского «короп» (карп). Здесь же, скорее всего, «кара» — тюркский элемент, что добавляет фамилии восточный оттенок. Редкость фамилии говорит о том, что её носители происходят из одного компактного региона, скорее всего, из Волыни или Подолья.